Хорошо зарекомендовала себя конкурсная система финансирования научных проектов через Российский фонд фундаментальных исследований, Российский гуманитарный научный фонд, Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере, Фонд технологического развития и др. Эта форма должна развиваться наряду с государственным финансированием. Следует обеспечить максимальную объективность при проведении конкурсных отборов проектов путем привлечения независимых экспертов, их периодическую ротацию, совершенствование методики экспертизы.
Наряду с прямой государственной поддержкой науки и инноваций необходимо разработать комплекс косвенных методов стимулирования, включающий налоговые льготы, механизмы ускоренной амортизации, льготные тарифы и т.д.
Необходимо искать новые источники и формы внебюджетной финансовой поддержки исследований и разработок. В частности, следует активнее переходить от прямого кредитования инновационных проектов к практике компенсации ставки банковских кредитов и предоставления гарантийных обязательств.
Перспективным является совместное финансирование важнейших НИОКР государственными и негосударственными секторами экономики, позволяющее приводить в соответствие общественные и частные интересы, объединять государственные приоритеты с предпринимательской инициативой.
Система государственного финансирования НИР и расходования организациями выделенных ассигнований должна быть «прозрачной» для того, чтобы исключить злоупотребления и обеспечить эффективность использования бюджетных средств.
Неотъемлемой частью государственной научно-технической политики должно являться содействие укреплению научно-технического потенциала регионов, который по ряду объективных причин оказался более жизнестойким, чем в научных мегаполисах. Решение общих вопросов науки находится в совместном ведении Российской Федерации и ее субъектов. Между тем, за исключением нескольких положительных примеров (г. Москва, Республика Саха (Якутия), Республика Башкортостан и др.), доля бюджетов субъектов Российской Федерации, направляемая на науку и технику, редко превышает десятые доли процента.